La región presenta 3 tipos de climas: Clima Árido andino puneño (en una mayor parte de la Puna), Clima seco serrano (en una pequeña porción) y clima subtropical serrano.
Los factores que influyen en el clima son :
En algunas áreas, como la Quebrada de Humahuaca, se puede experimentar el efecto Foehn, que ocurre cuando los vientos húmedos del norte chocan con las montañas de la cordillera de los Andes y las sierras subandinas y se ven obligados a ascender, y a medida que lo hacen se enfrían y pierden humedad, generando que las áreas en el lado de sotavento de las montañas reciban mucha menos precipitación en las áreas bajas.
La Puna se encuentra a grandes altitudes, a 3800 m promediando. Está altitud afecta significativamente el clima, ya que a medida que aumenta la altitud, disminuye la presión atmosférica y la temperatura. Esto conduce a temperaturas más bajas en comparación con las áreas a menor altitud.
Las corrientes marinas también afectan el clima de la región, como la corriente de Humboldt que es una corriente fría que fluye desde el sur hacia el norte por la costa occidental de Sudamérica. Esta corriente tiene un efecto enfriador sobre el clima de la costa y del oeste de los Andes, y también favorece la formación de nubes y nieblas que impiden la entrada de radiación solar.
La puna argentina se encuentra entre los 22° y los 27° de latitud sur, lo que significa que está cerca del trópico de Capricornio. Esto implica que recibe una mayor cantidad de radiación solar que las zonas más alejadas del ecuador, lo que influye en la temperatura y la evaporación.
La región de la Puna en Argentina tiene un clima seco y frío y la oscilación térmica es muy grande, entre 25 y 40 ºC, medias anuales inferiores a 8°C y mínimas invernales inferiores a -20°C. Existen varios meses por debajo de 0 ºC (inviernos muy rigurosos) que contrastan con veranos muy cálidos. La oscilación térmica diaria también es muy marcada que define la rigurosidad del ambiente.
La humedad promedio en la puna suele ser inferior al 20%, lo que implica una escasez de precipitaciones y un clima seco. La falta de vegetación y las altas temperaturas durante el día contribuyen a la poca humedad en el ambiente. Además, la puna es una región desértica, lo que significa que la evaporación es mayor que la cantidad de agua disponible en el suelo. Esto incrementa aún más la sensación de sequedad en el aire. Es importante destacar que la humedad puede variar dependiendo de la temporada. Durante el invierno, la puna puede experimentar algunas nevadas y aumentar ligeramente la humedad en el ambiente.
La presión atmosférica en la Puna puede variar dependiendo de la ubicación específica y las condiciones meteorológicas, pero en promedio se sitúa alrededor de 600-700 hPa (hectopascales), que es un valor bastante bajo comparado con los 1013 hPa que se consideran estándar a nivel del mar. Esta baja presión atmosférica en la Puna puede generar algunas dificultades para las personas que no están acostumbradas a estas altitudes, como el llamado mal de altura o soroche .
En la Puna argentina, los vientos desempeñan un papel importante en el clima y el paisaje. Durante el invierno, predominan los vientos fríos y secos del sur y sureste, mientras que en verano predominan los vientos cálidos y húmedos del norte y noroeste. Los vientos de la puna argentina pueden alcanzar velocidades de hasta 97km/h. Por ejemplo el viento norte, el cual es un viento local. Se trata de un viento cálido y húmedo que sopla desde el norte, proveniente del anticiclón del Atlántico Sur. El viento norte suele presentarse en los meses de verano y otoño, y puede durar desde unas horas hasta varios días. El viento norte provoca un aumento de la temperatura y la humedad, lo que genera una sensación de bochorno y malestar. Además, el viento norte puede traer lluvias y tormentas eléctricas, especialmente en el noreste del país. Estas precipitaciones pueden ser beneficiosas para la agricultura y la ganadería, pero también pueden causar inundaciones y deslizamientos de tierra. El viento norte también puede generar cambios bruscos de temperatura cuando cesa o cuando es reemplazado por otro viento más frío, como el pampero o el zonda.
